結論から言うと月間10万PV程度のWEBサイトであれば、mod_php と FastCGI PHP のパフォーマンスにまったく違いはありません。
Defaultはmod-phpでのモジュール版 AddHandler php5-script .php AddType text/html .php / .htacessなどでphp-cgiに切り替えることも出来る Action php52-cgi /cgi-bin/php52 AddHandler php52-cgi .php .phps
The problem was in FCGI settings, FCGI like SuPHP use a individual php.ini or php.conf for each user, but, the way FCGI load php.ini is diferent from SuPHP.
mod-spdyとmod-phpがコンフリクト対策としてfcgidを利用する方法 fcgidのサイドイフェクトもあるけれど