結論から言うと月間10万PV程度のWEBサイトであれば、mod_php と FastCGI PHP のパフォーマンスにまったく違いはありません。
fcgidで動かす場合特別な作法で記述しないといけないっぽい
The problem was in FCGI settings, FCGI like SuPHP use a individual php.ini or php.conf for each user, but, the way FCGI load php.ini is diferent from SuPHP.